MSC向成骨细胞诱导的分化过程可以大致分为骨形成和骨重塑两个阶段。在骨形成阶段，骨髓间充质干细胞会定向分化为骨原细胞，进一步分化为成骨前体细胞，进入快速增殖期。

随着成骨细胞的进一步分化，成熟的成骨细胞表达ECM（细胞外基质）钙化相关蛋白，如骨钙蛋白和骨桥蛋白，长时间的成骨诱导使钙离子以钙盐方式沉淀下来，形成“骨结节”。骨结节可通过茜素红染色，把外面沉积的钙结节染成深红色。

使用永利澳门6774cmGMP级间充质干细胞无血清培养基（货号NC0106+NC0106.S）培养的P5代MSC进行成骨分化，14天可见钙结节生成，21天钙结节覆盖率90%以上。

二、成软骨诱导分化

MSC向成软骨分化通过MSC聚集成团，团中间的细胞经分裂分化转变成一种大而圆的细胞，即成软骨细胞；接着成软骨细胞转变为成熟的软骨细胞。

通常用阿利新蓝鉴定成软骨细胞分化结果。阿利新蓝属于碱性染料，可与细胞内的核酸结合，使细胞核呈深蓝色；还可与软骨基质中的多糖结合，使软骨细胞和基质呈浅蓝色。

使用永利澳门6774cmGMP级间充质干细胞无血清培养基（货号NC0106+NC0106.S）培养的P5代MSC进行成软骨分化，诱导分化20天左右阿利新蓝染色即可看见明显蓝色着色。

MSC向成脂诱导的分化分为两个阶段，先是MSC分化为脂肪前体细胞，最后分化为脂肪细胞，出现脂肪细胞中显著的标志物——脂肪滴。脂肪滴经油红O染色后在显微镜下呈现显著的红色，未分化细胞则无明显颜色。

使用永利澳门6774cmGMP级间充质干细胞无血清培养基（货号NC0106+NC0106.S）培养的P5代MSC进行成脂分化，8天时即可初步观察到脂滴形成，12天时染色已有大量脂滴形成。